تأسست ثانوية المكلا النموذجية للبنين في العام الدراسي 2007/2008م بعدد (137) طالباً متفوقاً موزعين على الصفوف (1- 3) تم اختيارهم بآلية مفاضلة دقيقة، وهم من مختلف مديريات ساحل حضرموت، وقد حصدت الثانوية منذ تأسيسها إلى العام 2021-2022م (22) مقعداً ضمن الأوائل على مستوى الجمهورية، و(152) مقعداً ضمن الأوائل على مستوى المحافظة.

وتميزت بأداء تعليمي متميز، واصبحت رقم صعب وصرح تربوي وتعليمي بارز ليس على مستوى المحافظة وانما على مستوى الوطن عامة، وهي من المدارس الصديقة لمكتب التربية العربي لدول الخليج.

ولم تنحصر النجاحات في مجال التعليم وانما في مختلف الانشطة اللاصفية والمسابقات المحلية والاقليمية التي شاركت فيها الثانوية. وحققت الفوز فيها بعدة جوائز ومراكز متقدمة، مثل:

• المشاركة الفاعلة في فعاليات المسابقات والأنشطة اللاصفية التي يقيمها مكتب وزارة التربية والتعليم بالمحافظة كل عام.
• المشاركة الفاعلة في معرض الوسائل التعليمية التي يقيمها مكتب وزارة التربية والتعليم بالمحافظة كل عام.
• المشاركة في المسابقات المحلية، مثل:
• الأولمبياد الوطني الرابع للرياضيات.
• الأولمبياد الوطني الأول للغة الإنجليزية.
• البطولة الوطنية الثالثة للروبوت والذكاء الاصطناعي.
• البطولة المحلية الأولى لمناظرات المدارس.
• المشاركة في مسابقات أقليمية ودولية، مثل:
• مسابقات المدارس الصديقة لمكتب التربية العربي لدول الخليج كل عام والفوز فيها بعدة جوائز.
• مسابقة التحدث بالفصحى والخطابة والالقاء الشعري وتعميق دراسة النحو على مستوى طلبة الثانوية في الوطن العربي التي أقيمت في القاهرة في فبراير 2020م بتنظيم ورعاية جامعة الدول العربية.
• البطولة العالمية للروبوت First Global
• أولمبياد الرياضيات الخليجي السابع والثامن وأولمبياد الفيزياء الخليجي الثالث والرابع.
• الأسبوع العربي للبرمجة - الدورة الثانية.
• البطولة العربية المفتوحة للروبوت الثالثة عشر.
• المعسكر الافتراضي الخليجي للذكاء الاصطناعي في التعليم العام.
• المشاركة في برنامج "صنًاع السلام وحل المشكلات" Peacemakers and Problem Solvers (PMPS) بإشراف معهد مارشل ليقسي مع ثانويات من الولايات المتحدة الامريكية.
• المشاركة في منتدى المعلم الخليجي الثاني لمكتب التربية العربي لدول الخليج.